サブメニューにはレイヤーと非表示が用意されています、ドキュメントにレイヤーが存在しないときはこのメニューはグレーアウトされます。

レイヤー

選択中のレイヤーを削除します。複数選択していれば選択しているレイヤーが削除されます。

非表示

非表示になっているレイヤーが削除の対象になります。