開いているファイルのコピーを保存します。

　これ別名で保存 と何が違うのか理解できていませんでしたが、やっとわかりました。

　別名で保存は編集中のファイルを別名で保存するので、原則再度開いたときに再編集できないといけません。反面コピーを保存では再度編集することを前提とせずに強制的に新規で保存しているということになります。

　つまり、たとえばレイヤーが複数ある場合は別名で保存ではJPGとして保存できなくて、コピーを保存ではレイヤーがあろうがスマートオブジェクトがあろうとJPGで保存できるということになります。